核苷酸多样性计算
概述
该程序估计基因组序列的核苷酸多样性。
用法
步骤1-BAM文件转换
使用转换BAM文件。
samtools view -h -G69 to.convert.bam | samtools view -h -G133 > file.bam
对于每个样本,从BAM文件中生成一个strandcount.csv。
java -cp /your-path-to/HAROLD/lib/htsjdk-unspecified-SNAPSHOT.jar:
/Your-path-to/HAROLD/lib/picocli-4.1.2.jar:
/Your-path-to/HAROLD/lib/pal-1.5.1.jar:
/Your-path-to/HAROLD/lib/cache2k-all-1.0.2.Final.jar:
/Your-path-to/HAROLD/lib/co
2022-02-08 11:00:43
30.83MB
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