使用旋转计算两个分子的均方根偏差(RMSD)
使用.xyz或.pdb格式的两个笛卡尔坐标之间的旋转,使用Kabsch算法(1976)或四元数算法(1991)计算均方根偏差(RMSD),从而得到最小的RMSD。
有关更多信息,请阅读和。
动机
您拥有分子A和B,并想要计算两者之间的结构差异。 如果仅直接计算 ,则可能会产生太大的值,如下所示。 您需要首先使这两个分子重新居中,然后将它们彼此旋转以获得真正的最小RMSD。 这就是该脚本的作用。
没有变化
重新居中
旋转的
RMSD 2.50
RMSD 1.07
RMSD 0.25
引文
实施方式:
使用旋转计算两个分子的均方根偏差(RMSD),GitHub, ,
Kabsch算法:
Kabsch W.,1976年,“最佳旋转与两个向量相关联的解决方案”,《晶体学报》,A32:922-
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