汉明距离matlab代码创造
用于为
Kumar
等人的多路复用
CREATE
论文生成分析和绘图的示例代码。
(2019)。
代码分为三部分:对齐、变异分析和聚类。
Juypter
笔记本中给出的脚本是“演示”版本,在相关的“example_data”子文件夹中包含示例数据或输入文件。
结盟
先决条件
Alignment
使用
Python
3
和
Jupyter
notebooks,并依赖于以下
Python
包:
jupyter
pepars
protfarm
Pepars
和
Protfarm
可在其各自的
GitHub
存储库中找到:
辣椒:
农场:
脚本
align_and_export.ipynb
此脚本初始化
Protfarm
数据工作区,下载示例
FASTQ
文件,将它们与模板对齐,并计算和导出计数和浓缩数据。
有关
Protfarm
工作区和扩充的更多详细信息,请参阅存储库。
变异分析
变体分析包含一组脚本,用于对计数和扩充
Excel
表进行操作,这些脚本是通过
Protfarm
对齐和导出数据生成的。
运行这些脚本所需的时间大约为
2-5
分钟,具体取决于数据集
2022-04-10 08:37:39
110KB
系统开源
1