聚类轨迹 该Python脚本接收分子动力学或Monte Carlo轨迹(.pdb,.xyz或OpenBabel支持的任何格式),使用Kabsch算法找到结构之间的最小RMSD,并执行聚集聚类(一种无监督的机器学习),以对相似的构象进行分类。 该脚本是在考虑到Python 3的情况下开发的,但是,鉴于所有库均可用,它也应在Python 2.7中工作。 脚本要做的是计算轨迹的每个配置之间的距离(使用最小RMSD),建立一个距离矩阵(以压缩形式存储)。 请注意,计算距离矩阵可能需要一些时间,具体取决于您的轨迹多长时间以及每种配置中有多少原子。 距离矩阵也可以从文件中读取(使用-i选项),以避免每次您要更改链接方法(使用-m )或聚类的距离时重新计算该距离矩阵。 依存关系 该实现依赖于几个库,因此在运行脚本之前,请确保已在Python发行版中安装了所有库。 当前,需要以下库: 我们建议使用 P
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该程序演示了以下论文中提出的LSC超像素分割方法: Jiansheng Chen, Zhengqin Li, Bo Huang, Linear Spectral Clustering Superpixel, IEEE Transactions on Image Processing, Vol. 26,第 7 期,第 3317-3330 页,2017 年。 Zhengqin Li, Jiansheng Chen, Superpixel Segmentation using Linear Spectral Clustering,IEEE Con​​ference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR),2015 年 6 月 该程序可免费用于非商业学术用途。 未经作者同意,严禁任何商业用途。 1.在Matlab下使用命令编译LSC_
2022-11-15 15:31:33 388KB matlab
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克劳斯特里 在进行聚类分析时,决定使用哪种分辨率可能是一个难题。 解决此问题的一种方法是查看样本如何随着簇数的增加而移动。 该软件包允许您生成聚类树,这是一种可视化的视图,用于在分辨率提高时询问聚类。 安装 您可以使用以下方法从CRAN安装clustree的发行版: install.packages( " clustree " ) 如果要使用可以使用remotes软件包从GitHub安装的开发版本,请执行以下操作: # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " lazappi/clustree@develop " ) 要构建小插图,请使用: # install.packages("remotes") remotes :: install_github( " lazappi/clustree@develo
2022-11-08 00:08:21 2.5MB visualization cran clustering visualisation
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Java后端进行经纬度点抽稀聚合,HTML呈现及前端聚合渲染 index.html 谷歌map后端点聚合 geos.html 后端点聚合并渲染 geo_cluster.html mapbox前端点聚合 jpg/heatJpgTile.html 栅格瓦片jpg渲染底图及数据 multilines.html 多点,线面渲染
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.m example for mean-shift clustering algorithm. To use the mean-shift file your self, you need to adjust the 'bandwidth' by your self. To see what is happening, run 'testMeanShift.m' file. Originally from the file on MathWork, with a few adjustment.
2022-10-19 18:39:00 3KB mean-shift cluster
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凸聚类 这是凸聚类的示例代码。 我参考了一篇论文“ Convex Clustering with Exemplar-Based Models ”来编写代码。 实现了基本算法,但未实现任何优化。 要运行此代码,您需要调用包含主函数的convex_clustering.py。 我建议您阅读原始论文以获取有关凸聚类的更多知识。 如果你是日本人,我也推荐你阅读《 》。 代码的动机是对我的研究的调查。 所以,这段代码可能有点错误。 如果您发现错误,请通知我该错误。
2022-10-15 17:35:16 5KB Python
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a pdf file about Online Clustering Algorithms and Reinforcement Learning using in onilne clustering
2022-09-24 22:00:09 581KB algorithms online_learning
纸 论文“深度融合集群网络”的源代码 图W.涂,周S.,刘X.,郭X,蔡Z. 被AAAI2021接受。 安装 克隆此仓库。 git clone https://github.com/WxTu/DFCN.git Windows 10或Linux 18.04 的Python 3.7.5 脾气暴躁的1.18.0 斯克莱恩0.21.3 火炬视觉0.3.0 Matplotlib 3.2.1 准备 我们总共采用了六个数据集,包括三个图形数据集(ACM,DBLP和CITE)和三个非图形数据集(USPS,HHAR和REUT)。 要在这些数据集上训练模型,请从(访问代码:4622)或下载它们。 代码结构与用法 在这里,我们提供了PyTorch中的深度融合集群网络(DFCN)的实现,以及DBLP数据集上的执行示例(由于文件大小的限制)。 该存储库的组织方式如下: load_data.py
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