3 d分子指纹-源码

呼叫者 关于 ProtoCaller是一个Python库，可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程，例如：Biopython，BioSimSpace，CHARMM-GUI，（可选）Modeller，Open Babel，ParmEd，PDB2PQR，pdbfixer，RDKit。 ProtoCaller可以在Linux和macOS上运行。 安装简便，可通过Conda执行。 请检查其他部分以获取更多信息。 安装 该程序包通过Conda分发。 要安装它，请运行以下命令： conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller 可以使用以下命令安装开发版本（请谨慎使用）： conda install -c con

MaSIF-分子表面相互作用指纹：进行几何深度学习以破译蛋白质分子表面中的图案。 目录： Docker容器 执照 参考 描述 MaSIF是一种概念验证方法，可解密对于特定生物分子相互作用至关重要的蛋白质表面中的模式。 为此，MaSIF利用了几何深度学习领域的技术。 首先，MaSIF将表面分解为具有固定测地线半径的重叠径向小块，其中每个点都分配有一系列几何和化学特征。 然后，MaSIF为每个表面补丁计算一个描述符，该描述符是对补丁中存在的特征的描述进行编码的向量。 然后，可以在一组附加层中处理此描述符，在其中可以对不同的交互进行分类。 每个描述符和最终输出中编码的功能取决于特定于应用程序的训练数据和优化目标，这意味着可以将同一体系结构重新用于各种任务。 该存储库包含一个协议，用于将蛋白质结构文件准备为功能丰富的表面（具有几何和化学特征），将其分解为补丁，以及基于tensorflow的神经

分子动力学模拟最为经典的一本书。 Contents: 1 Introduction 1 1.1 Historical background 1 1.2 Computer simulation 2 1.3 Molecular dynamics 4 1.4 Organization 8 1.5 Further reading 10 2 Basic molecular dynamics 11 2.1 Introduction 11 2.2 Soft-disk fluid 11 2.3 Methodology 18 2.4 Programming 20 2.5 Results 34 2.6 Further study 43 3 Simulating simple systems 44 3.1 Introduction 44 3.2 Equations of motion 44 3.3 Potential functions 46 3.4 Interaction computations 49 3.5 Integration methods 60 3.6 Initial state 67 3.7 Performance measurements 74 3.8 Trajectory sensitivity 77 3.9 Further study 82 v vi Contents 4 Equilibrium properties of simple fluids 83 4.1 Introduction 83 4.2 Thermodynamic measurements 84 4.3 Structure 90 4.4 Packing studies 96 4.5 Cluster analysis 112 4.6 Further study 118 5 Dynamical properties of simple fluids 120 5.1 Introduction 120 5.2 Transport coefficients 120 5.3 Measuring transport coefficients 124 5.4 Space–time correlation functions 134 5.5 Measurements 145 5.6 Further study 152 6 Alternative ensembles 153 6.1 Introduction 153 6.2 Feedback methods 154 6.3 Constraint methods 165 6.4 Further study 174 7 Nonequilibrium dynamics 176 7.1 Introduction 176 7.2 Homogeneous and inhomogeneous systems 176 7.3 Direct measurement 177 7.4 Modified dynamics 188 7.5 Further study 198 8 Rigid molecules 199 8.1 Introduction 199 8.2 Dynamics 200 8.3 Molecular construction 216 8.4 Measurements 222 8.5 Rotation matrix representation 232 8.6 Further study 243 9 Flexible molecules 245 9.1 Introduction 245 9.2 Description of molecule 245 9.3 Implementation details 247 9.4 Properties 251 9.5 Modeling structure formation 256 Contents vii 9.6 Surfactant models 257 9.7 Surfactant behavior 262 9.8 Further study 266 10 Geometrically constrained molecules 267 10.1 Introduction 267 10.2 Geometric constraints 267 10.3 Solving the constraint problem 270 10.4 Internal forces 278 10.5 Implementation details 286 10.6 Measurements 291 10.7 Further study 294 11 Internal coordinates 296 11.1 Introd

Numerical Simulation in Molecular Dynamics 2007

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这本是关于分子模拟的经典入门教材之一，全方位介绍 Monte-Carlo方法和分子动力学模拟。

ProLIF 文献资料 讲解 CI 聚酰亚胺 执照 描述 ProLIF（蛋白质-配体相互作用指纹图谱）是一种工具，用于生成用于从分子动力学轨迹和对接模拟中提取的蛋白质-配体和蛋白质-蛋白质相互作用的相互作用指纹。 它还支持DNA配体，DNA蛋白质和DNA-DNA相互作用。 您可以在上进行任何安装之前尝试一下。 文献资料 可在在线找到安装说明，文档和教程。 问题 如果发现错误，请在页面上打开一个问题。 讨论 如果您对如何使用ProLIF有疑问，或者想提供反馈或分享想法和新功能，请前往页面。 引用ProLIF 请参考文档上的。 执照 除非另有说明，否则此目录和所有子目录中的所有文件均根据Apache License 2.0版分发 Copyright 2017-2021 Cédric BOUYSSET Licensed under the Apache License, Versi

A nice book written by D. Frenkel and B. Smit you should read if available.

Chemistry A Molecular Approach, Global Edition(14th) 英文无水印原版pdf 第14版 pdf所有页面使用FoxitReader、PDF-XChangeViewer、SumatraPDF和Firefox测试都可以打开 本资源转载自网络，如有侵权，请联系上传者或csdn删除 查看此书详细信息请在美国亚马逊官网搜索此书