纳滤 长时间读取的测序数据的过滤和修整。 根据质量和/或读取长度进行过滤，并在通过过滤器后进行可选的修整。 从stdin读取，写入stdout。 （可选）直接从命令行上指定的未压缩文件中读取。 拟用于： fastq提取后直接 映射之前 在提取和映射之间的流中 另请参阅。 由于计算的读取质量与--summary汇总的质量之间，因此该脚本采用v1.1.0版本，因为它也可选地使用--summary参数。 将此参数与albacore的sequence_summary.txt文件一起使用时，将使用摘要中的质量得分进行过滤。 它也更快。 安装和升级： pip install nanofilt pip install nanofilt --upgrade 或者 conda install -c bioconda nanofilt NanoFilt是为Python 3编写的。 用法： Nan

Splitfp Splitfp是一款可以拆分第二代和第三代测序数据的软件。 安装 安装方法1 git clone https://github.com/zxgsy520/splitfp.git cd splitfp chmod 755 splitfp 安装方法2 wget https://github.com/zxgsy520/splitfp/archive/v2.2.1.tar.gz tar -zxvf v2.2.1.tar.gz cd splitfp-2.2.1 chmod 755 splitfp 指示 usage: splitfp [-h] -r1 FILE [FILE ...] [-r2 FILE [FILE ...]] [-w FILE] [-n INT] [-o STR] name: splitfp.py Split a specific format for mu

基因测序行业深度报告：未来大健康领域黄金赛道-申万宏源

二代测序原理涉及RNA测序，RNA结构和RNA功能计算以及RNA数据分析处理的生物信息学方法。

开重 作者： 彼得·门泽尔（Peter Menzel） 安德斯·克罗（Anders Krogh） Kaiju是一个程序，用于从宏基因组DNA的全基因组测序中对高通量测序读段（例如Illumina或Roche / 454）进行分类分类。 使用NCBI分类法和来自微生物和病毒基因组的蛋白质序列参考数据库，将读物直接分配给分类单元。 该程序在描述 （开放访问）。 Kaiju可以在本地安装（请参阅下文），也可以通过。 有关所有版本的请参见的发行说明。 执照 版权所有（c）2015-2021 Peter Menzel和Anders Krogh Kaiju是免费软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可的条款（许可的版本3）或（根据您的选择）任何更高版本来重新分发和/或修改它。 发行Kaiju的目的是希望它会有用，但不作任何担保； 甚至没有对适销性或特定用途适用性的暗示

USEARCH_工作流 我用来通过 UPARSE 和 QIIME 处理原始 Illumina 扩增子测序数据的 shell 脚本。 这对我来说更像是一种在分析之间保持工作流程一致的方式 - 如果您发现这一点，我目前无法提供任何支持。 注意：该脚本在 2015 年 2 月 25 日发布静态版本，用于即将发布的版本。

HTSlib是用于访问常见文件格式（例如的统一C库的实现，该文件格式用于高通量测序数据，并且是和使用的核心库。 HTSlib仅取决于 。 已知与gcc，g ++和clang兼容。 HTSlib实现了通用BAM索引，其文件扩展名为.csi （坐标排序的索引）。 HTSlib文件阅读器首先查找新索引，然后在缺少新索引的情况下查找旧索引。 该项目还包括流行的tabix索引器和bgzip压缩实用程序，该索引器同时对.tbi和.csi格式进行索引。 构建HTSlib 有关完整的详细信息，请参见 。 包含尚未提交到此存储库的生成文件，因此从Git存储库构建代码需要额外的步骤： autoreconf -i # Build the configure script and install files it uses ./configure # Optional but recommende

单细胞RNA-Seq分析 这个为期2天的课程将讨论从scRNA-seq实验获得的数据的计算分析。 贡献 我们欢迎您为改进本课程而做出的所有贡献！ 如果您在此过程中有任何疑问，疑虑或遇到任何困难，维护人员将竭尽所能为您提供帮助。 我们想请您熟悉我们的《 ，并查看有关正确格式，在本地呈现课程的方式，甚至如何编写新剧集的。 请参阅当前列表，以获取有关对此存储库做出贡献的想法。 为了做出您的贡献，我们使用GitHub流，这在一章中有很好的解释。 维护者 本课程的当前维护者是 作者 可以在“找到该课程的参与者列表 引文 要引用本课程，请向咨询

linux 64位平台 静态编译的 应可以直接用。 生物信息 重测序 小软件 游戏 随着测序技术的持续革新，新一代测序技术的产生降低了测序成本并提高了测序通量，使得针对几百上千的样品进行DNA测序成为可能。其次当前模式作物和重要经济物种的基因组大多已经被测序，越来越多的科研人员转重测序研究。再次近几年很多研究员已经在相关杂志发表了很多个体重测序的研究了，个体重测序研究已经相当深入，很难有质的飞跃和重要的发现。最后对一个好的群体的研究对后期的更深入的研究十分有意义，如对重组自交系群体进行测序，可以快速构建遗传图谱，寻找重组热点和定位数量性状位点的精细范围;再如而对栽培群体和野生群体测序，通过全基因组的多态性比较，则可以快速寻找到受人工驯化受到选择的区域和相关基因。基于上面以及其它种种原因，群体重测序的研究越来越受到重视了，其中群体SNP检测和基因型判断则显得尤其重要，目前检测群体SNP的方法并不成熟，大多由个体SNP的基因型整合构成群体SNP的基因型，不仅带入了不少假阳SNP和位点基因型判断不准，而且很多群体中稀有SNP并没有被检测出来，这些都会后期生物意义的探究造成一定的干扰。本论文主要研究是在群体样品过多，测序大数据过大，计算机资源有限情况下，提供了用于群体SNP位点检测及判断基因型的新算法和新模型，使之更高效更准确检测出群体SNP位点以及判断出各个体在该位点的基因型。主要的研究结果如下： （1）在研究群体SNP的检测模型，最终实现了两种检测模型，即最大似然法模型和贝叶斯二项混合模型。并基于这两种检测模型的理论，在Linux平台实现其检测的功能,开发对应的软件GLFmuti和PopSNP，通过和现在的软件比较和发展趋势，新开发的软件检测结果大有提高并将得到广泛应用。 （2）为了减少机器误差以及减少各种人为操作不当，提高群体SNP的检测的准确度,本论文同时为前期过滤和比对各过程等过程提供相应的分析工具。 （3）本论文在检测群体SNP和判断基因型的同时，同时开发其它变异检测功能，并最终从原始数据到变异检测的每一个分析步骤都提供相应功能模块，最终设计提供出一套标准的分析流程，实现相关分析标准化。 这儿就是 重测序 分析的软件工具包 和对应的流程 。 相关论文可以到知网搜下载 ./iTool -h 看help 共有10 部分组成，别如下： Fatools Tools For Fasta Fqtools Tools For Fastq SOAPtools Tools For SOAP CNStools Tools For CNS Xamtools Tools For Sam,Bam Gfftools Tools For Gff Formtools Tools For Form convert Filetools Tools For File Othertools Tools For Other Gametools Tools For Game

水稻籽粒低镉品系的基因组重测序分析，王宇莹，肖炎凤，水稻是我国最为重要的禾谷类作物之一，近年随着环境污染的加剧，水稻受重金属镉污染的情况日益严重。同时，污染水稻的镉会经由食