NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative，神经影像信息技术倡议）格式图像（.nii文件）。数据解析参照这里https://qianlingjun.blog.csdn.net/article/details/115726615

1.NIFTI格式图像图像来源 很有必要自己浏览这个网址，详细介绍了NIFTI的细节 有助于代码理解的点做以下总结： nifti格式存储的数据使用了一对文件**.hdr/.img** nifti格式中，前三个维度以定义三个空间维度-x，-y和-z，第四个维度定义时间点-t。其余维度（五到七）用于其他用途。比如，第五维可以存一些预定义的用途，例如存储体素特定的分布参数或保存基于矢量的数据。 2.NiBabel包 NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写 import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import n

关于 dcm2niix旨在将神经影像数据从DICOM格式转换为NIfTI格式。 该网页包含开发源代码包含Linux，MacOS和Windows的最新稳定版本的编译版本。 该软件的完整手册以的形式提供。 执照 该软件是开源的。 BSD许可证涵盖了大部分代码。 有些单位是公共领域（nifti *。*，miniz.c）或使用MIT许可证（ujpeg.cpp）。 有关更多详细信息，请参见license.txt文件。 依存关系 该软件通常应在macOS，Linux和Windows上运行，而无需任何其他软件。 但是，如果使用dcm2niix创建GZ压缩图像这将是，如果你已经快安装。 您可以通过下载获得针对您的操作系统编译的dcm2niix和pigz的版本。 图像转换和压缩 DICOM提供了许多存储/压缩图像数据的方法，称为。 有关如何启用不同选项以提供对更多格式的支持的详细信息。 基本代码包括对原始

我就废话不多说了，大家还是直接看代码吧~ ## using simpleITK to load and save data. import SimpleITK as sitk itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz') img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img) print("img shape:",img.shape) ## save out = sitk.GetImageFromArray(img) # # out.SetSpacing(itk_img.GetSpacing()) # # out.SetOrigin

MATLAB Nifti程序包用于写入、读取和处理医学影像

niftilib是用于nifti1神经图像数据格式的I / O例程的集合。 可以使用C（nifticlib），Java（niftijlib），Matlab（niftimatlib）和Python（pynifti）代码。 有关nifti格式的信息，请参见：http://nifti.nimh.nih.gov/

convert_source 将源DICOM ， PAR REC或NIFTI图像数据转换为BIDS目录布局。 用作输入的YAML配置文件规定了用于查找和重命名文件的搜索词。 有关示例，请参阅config/config.default.yml或config/config.example.yml 。 需要dcm2niix和pydicom 。 usage: study_proc [-h] [-s STUDY_DIR] [-o OUT_DIR] [-c CONFIG.yml] [--no-gzip] [--compress INT] [--zero-pad INT] [--append-dwi-info] [--verbose] [--version] [--path-env PATH_VAR] Convert sou

适用于matlab读取.nii格式的文件 脑部MR图像处理。 NIfTI这个Matlab程序可以读取显示、保存、制作核磁共振图像。 具体如下： >> [hdr,filetype,fileprefix,machine] = load_nii_hdr('output.hdr'); >> [img,hdr] = load_nii_img(hdr,filetype,fileprefix,machine); >> save_nii(nii, filename, [old_RGB]);

dcm2niix, dcm2nii到NIfTI转换器 dcm2niix是一种设计用来将neuroimaging数据从DICOM格式转换为NIfTI格式的设计。 这个网页承载开发源代码- - Linux 。macOS 和最近稳定版本的编译版本都包含在 MRIcroGL 。 这个软件

依赖于MATLAB,可以读取nii格式的文件,写入和操作输入的医学影像数据 使用方法:1.下载压缩包并解压至MATLAB安装路径的toobox文件夹下 2.enjoy it!