CoGe（比较基因组学）平台
CoGe是一个基于Web的平台，提供工具和数据库来协助生物学家进行比较基因组学研究。
安装
有关详细的安装说明，请访问： :
2021-06-27 00:01:38
39.29MB
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超级英雄
MEGAHIT是一种超快速且高效存储的NGS汇编器。 它针对元基因组进行了优化，但在通用的单基因组装配（小或哺乳动物大小）和单细胞装配上也能很好地工作。
安装
conda
conda install -c bioconda megahit
适用于x86_64 Linux的预构建二进制文件
wget https://github.com/voutcn/megahit/releases/download/v1.2.9/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz
tar zvxf MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.t
2021-05-11 14:15:03
334KB
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HASLR：长读的快速混合组装
介绍
HASLR是用于长测序读数的快速基因组组装的工具。 HASLR是一种混合工具，这意味着它需要使用同一样品的第三代测序技术（例如PacBio或Oxford Nanopore）生成的长读本以及下一代测序读物（例如Illumina）。 HASLR能够在单个计算节点上组装大型基因组。 我们的实验表明，使用64个CPU线程，它可以在不到10小时的时间内组装CHM1人类数据集。
安装
要求
GCC≥4.8.5
Python3
zlib
依存关系
HASLR依赖于以下将自动安装的工具：
用于共识阅读长篇文章
用于组装短读
用于将短阅读重叠群与长阅读对齐
用于FASTA / Q操作
使用conda
可以使用conda软件包管理器通过bioconda渠道安装HASLR：
conda install -c bioconda haslr
从源头建造
git clo
2021-03-08 20:06:08
85KB
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基因本体论工具
作者
海宝堂（ ）
DV（ ）
布伦特·佩德森（）
菲德尔·拉米雷斯（ ）
Aurelien Naldi（ ）
帕特里克·弗里克（ ）
杰夫·尤恩斯（ ）
佐藤健太（ ）
克里斯·蒙加（Chris ）
格雷格·（ ）
戴维·德托马索（ ）
奥尔加·（ ）
电子邮件
执照
BSD
描述
该软件包包含一个Python库，用于
根据Fisher的精确测试，处理某些GO术语的过高和不足表示。 具有多种多样的校正例程，包括Bonferroni，Sidak，Holm和错误发现率的本地实现例程。 此外，还包括从多个测试校正 ：FDR的Benjamini / Hochberg的，FDR的Benjamini / Yekutieli，霍尔姆-Sidak，西门斯-Hochberg指出霍梅尔，FDR 2级的Benjamini-Hochberg的，F
2021-03-01 18:08:59
35.45MB
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