matlab写代码代码用于计算实验的函数出现在论文“持久熵:用于分析细胞排列的尺度不变拓扑统计”和“使用持久熵表征上皮组织”中。
函数如下:
-
reduce_cells.m:包含用于归一化图像中单元数量的螺旋算法。
(matlab)
-persistentEntropy:取条码并计算其持久熵。
(右)
带有实验代码的脚本是:
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acquire_point_cloud.m:读取数据,运行reduce_cells.m并写入结果。
-
generateFrame.R:计算包含所有图像的熵值和归一化数
n
=
5,
10,
15
...
到
385
的
data.frame。
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generateBarcode.R:计算一种单元格的所有条码。
-
generateFigures:使用持久熵值创建箱线图
可以加载workspace.Rdata
文件以获得所有组织图像和不同归一化数的持久熵值。
您还可以找到每个条形码中所有条的长度总和。
只要您引用我们的论文,请随意使用这些值。
不幸的是,我不是数据的所有者,因此我无法为您提供图像或点云(这些文件夹是空的)。
但是,您可以使用出现在同名文件夹中
2022-06-13 10:37:14
68MB
系统开源
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