matlab中拟合中心线的代码猫
CATS聚类算法源代码和操作指南
Jacob
Ezerski
/休斯敦大学张氏集团
简介:组合平均瞬态结构(CATS)是一种聚类算法,设计用于具有高度动态行为的蛋白质。
可以在原始出版物中找到有关算法和案例研究结果的详细说明:聚类过程需要几个步骤,以将原始轨迹数据减少到聚类中。
与其他聚类算法一样,必须使用聚类坐标(RMSD,Rg,Etc
..)。
通过使用显示高斯分布的坐标,CATS与许多标准算法不同。
任何包含高斯样分布的坐标集都可以用于CATS中的聚类,但是此处包含的代码和本手册的其余部分是使用蛋白质二面角Phi和Psi角度制定的。
程序:
将MD轨迹还原为二面坐标:第一步是从原始轨迹生成二面坐标数据文件。
这可以通过几种不同的方法完成,但是输出格式必须在目标蛋白中每个残基的列中包含phi和psi二面角坐标。
坐标文件的每一行都必须与轨迹中的一帧相对应。
例如:如果您希望使用1000帧的轨迹分析20个残基的蛋白质,则数据文件将包含1000行40列(以空格分隔)。
我们包含了一个TCL脚本,用于使用名为“
getdihedrals.tcl”的VMD
2021-10-26 16:01:41
13KB
系统开源
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