了解分子模拟 - 从算法到应用。 作者：Daan Frenkel 和 Berend Smit 内容 第二版 前言 X11 符号列表 前言 1 引言 Parti Basics 2 统计机制 2.1 熵和温度 2.2 经典统计力学 13 2.2.1 遍历性 15 2.3 问题和练习 3 蒙特卡罗模拟 3.1 蒙特卡罗法 3.1.1 重要性抽样 3.1.2 大都市法 ..27 3.2 基本蒙特卡罗算法 3.2.1 算法 31 3.2.2 技术细节 32 3.2.3 详细平衡与平衡 42 3.3 试验动作 43 3.3.1 平移移动 3.3.2 定向移动 48 3.4 应用 51 3.5 问题和练习 58 内容 4 分子动力学模拟 63 4.1 分子动力学：思想 4.2 分子动力学：一个程序 64 4.2.1 初始化 65 4.2.2 力的计算 4.2.3 运动方程的 积分 69 4.3 运动 方程 4.3.1 其他算法 4.3.2 高阶方案 1477 4.3.3 Liouville 时间可逆算法的公式。77 4.3.4 李雅普诺夫 不稳定性 81 4.3.5 查看verlet算法 的另一种

机器学习方法已经广泛应用于药物发现领域，使得更强大和高效的模型成为可能。在深度模型出现之前，建模分子在很大程度上是由专家知识驱动的;为了表现分子结构的复杂性，这些手工设计的规则被证明是不够的。深度学习模型是强大的，因为它们可以学习问题的重要统计特征——但只有正确的归纳偏差。我们在两个分子问题的背景下解决这个重要的问题:表征和生成。深度学习的典型成功在于它能够将输入域映射到有意义的表示空间。这对于分子问题尤其尖锐，分子之间的“正确”关系微妙而复杂。本论文的第一部分将重点讨论分子表征，特别是性质和反应预测。在这里，我们探索了一种用于分子表示的Transformer式架构，提供了将这些模型应用于图形结构对象的新工具。抛开传统的图神经网络范式，我们展示了分子表示原型网络的有效性，它允许我们对分子的学习性质原型进行推理。最后，我们在改进反应预测的背景下研究分子表示。本论文的第二部分将集中在分子生成，这是至关重要的药物发现作为一种手段，提出有前途的药物候选人。我们开发了一种新的多性质分子生成方法，通过首先学习分子片段的分布词汇。然后，利用这个词汇，我们调查了化学空间的有效探索方法。

对称梯度域机器学习（sGDML） 有关更多详细信息，请访问： : 可以在这里找到文档： : 要求： Python 3.7以上 NumPy（> = 1.19） 科学（> = 1.1） 可选的： PyTorch（用于GPU加速） ASE（> = 3.16.2）（运行原子模拟） 入门 稳定释放 大多数系统pip预先安装了针对Python pip的默认软件包管理器。 只需调用以下sgdml即可安装sgdml ： $ pip install sgdml sgdml命令行界面和相应的Python API现在可以在系统上的任何位置使用。 开发版 （1）克隆存储库 $ git clone https://github.com/stefanch/sGDML.git $ cd sGDML ...或更新您现有的本地副本 $ git pull origin master （2）安装 $ pi

GPUMD 什么是GPUMD ？ GPUMD代表图形处理单元分子动力学。它是在图形处理单元（GPU）上完全实现的通用分子动力学（MD）代码。 通过使用GPU [1]，可以大大提高对多体势的力评估[1]，这要归功于参考文献中得出的一组简单的力，病毒应力和热流表达式。 [2，3]。 除了高效之外，GPUMD的另一个独特功能是它具有研究热传输的有用工具[2，3，4，5]。 先决条件 您需要具有计算能力不低于3.5的GPU卡以及不低于CUDA 9.0的CUDA工具包。 适用于Linux（带有GCC）和Windows（带有MSVC）操作系统。 编译GPUMD 转到src目录，然后输入make 。编译完成后，将在src目录中生成两个可执行文件gpumd和phonon 。 运行GPUMD 转到目录src 。 键入src/gpumd < examples/input_gpumd.txt来运行exampl

NGL Viewer是用于分子可视化的Web应用程序。 用于显示具有各种表示形式的分子，如蛋白质和DNA / RNA。 实际观看： 说明文件： 特征 分子结构（mmCIF，PDB，PQR，GRO，SDF，MOL2，MMTF） 密度体积（MRC / MAP / CCP4，DX / DXBIN，CUBE，BRIX / DSN6，XPLOR / CNS） 用户交互（鼠标挑选，选择语言，动画，图像导出） 坐标轨迹（DCD和PSF，NCTRAJ和PRMTOP，TRR / XTC和TOP，通过MDSrv进行远程访问） 可嵌入的（单个文件，API） 用法 由于NGL Viewer是要在Web浏览器中查看的一组静态文件，因此不需要太多安装。 出于开发目的，克隆此存储库并在本地提供服务将很有帮助（请参见下文）。 将NGL Viewer嵌入为库时，包含自包含的build dist / ngl.j

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Molecular Gas Dynamics入门 详细介绍 Bird-Molecular Gas Dynamics and the Direct simulation of gas flows Yoshio_Sone_Molecular_Gas_Dynamics_Theory, Techniques, and Applications 基本满足分子动力学各阶段学习需求

讲述分子通信的书籍。This comprehensive guide, by pioneers in the field, brings together, for the first time, everything a new researcher, graduate student or industry practitioner needs to get started in molecular communication. Written with accessibility in mind, it requires little background knowledge, and provides a detailed introduction to the relevant aspects of biology and information theory, as well as coverage of practical systems

R.W Hockney, J.W Eastwood - Computer simulation using particles (1988, A. Hilger)

细胞分子生物学， 英文原版，第四版(molecular biology of the cell)