带有GROMACS + CP2K的QM / MM 使用GROMACS + CP2K在QM / MM上托管BioExcel课程的课程材料页面的存储库

GROMACS 安装 本演练遵循为 GROMACS 的最低功能版本安装兼容版本的库和构建工具的步骤。以下包/库是完整构建和安装所必需的： 明威 促进 制作 fftw3 如果您的系统能够通过拥有适当的硬件和/或可用的集群机器来支持它们，则需要其他要求，例如 CUDA 和 MPI 扩展。 在 64 位 Windows 计算机上安装 明威 MinGW，“Minimalist GCC for Windows”的缩写，是基于GCC编译器的Windows编译器。默认官方版本 ”是我们不会在我们的案例中使用 32 位版本，而是选择来自的 64 位分叉版本，作为奖励，它包含在最新的 Boost 库中。 首先，从这里下载 MinGW 安装程序： 启动 exe 后按照说明选择合适的位置来放置提取的文件。这是 C:/ 给我们一个安装目录为 C:/MinGW。 重要提示：此时必须将 MinGW 添加到

GROMACS windows双精度5.11版 在cmd下使用，非常方便，适合做能量优化和其他一些小计算量工作 MD最好还是在服务器上运行

% trr2matlab.m 作者：Evan Arthur，密歇根大学，2011 年 10 月Matlab以相对一致的格式输出轨迹，即从根本上讲，Matlab 直接读取具有挑战性且效率低下。 该程序从最新版本的 Gromacs 翻译大多数 trr 文件转换成可以快速有效地读入 Matlab 的二进制文件通过 readGmx2Matlab.m。 readGmx2Matlab.m 是读取输出的兄弟程序这个程序。 目前只有坐标、速度和力输出。 如果我收到对其他输出的请求（框尺寸、lambda 参数等）我会适应它。 要求： - Gromacs trr 轨迹文件（GMX trn 格式） 在 4.5 及更高版本上测试-readGmx2Matlab.m（读取此脚本的输出） - 可用内存：不多。 大多数模拟小于 500 kb。 - 可用硬盘：您输入的 .trr 的 1 到 2 倍。 默认情况下，整个轨迹

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呼叫者 关于 ProtoCaller是一个Python库，可实现GROMACS中相对蛋白质-配体结合自由能计算的受控自动化。 ProtoCaller使用多种工具来自动化自由能计算过程，例如：Biopython，BioSimSpace，CHARMM-GUI，（可选）Modeller，Open Babel，ParmEd，PDB2PQR，pdbfixer，RDKit。 ProtoCaller可以在Linux和macOS上运行。 安装简便，可通过Conda执行。 请检查其他部分以获取更多信息。 安装 该程序包通过Conda分发。 要安装它，请运行以下命令： conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller 可以使用以下命令安装开发版本（请谨慎使用）： conda install -c con

linux shell脚本列子,适合初学gromac 等分子动力学模拟软件

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gromacs-2019.3.tar.gz