一种新的DNA序列重复片段的查找算法.doc

一款DNA序列比对的软件，可用于DNA序列的分析、比对，酶切位点的查找等。

蕨菜2.6丰度估计 有关蕨菜的新闻，更新和说明，请访问： : Bracken的同行评审论文（2017年1月2日发布）： ： 安装 Bracken是Kraken 1或Kraken 2的配套程序，而Kraken在分类树中将读取分类为多个级别，而Bracken允许使用这些分类在单个级别上估计丰度（例如Bracken可以估计样本中物种的丰度）。 在安装Bracken之前，请先安装Kraken：可从此处下载Kraken： ： 轻松安装Bracken： bash install_bracken.sh 硬蕨安装： cd src/ && make Add bracken/bracken-build and scripts in src/ to your PATH 重要信息：蕨菜与MPA风格的报告不兼容。 Bracken需要kraken / kraken2中的默认报告格式。 蕨菜2.5.

repDNA：Python包，通过结合用户定义的理化特性和序列顺序效应来生成DNA序列的各种特征向量模式

学习利用MATLAB提取DNA序列特征建立向量的方法，掌握利用FCM命令进行DNA分类的方法，学会做出分类图形直接给出分类结果的MATLAB编程。

基于马尔可夫链和信息熵的DNA序列比较新方法

DNA序列的k_merindex问题数模论文.doc

数学建模 摘要：该文采用模糊聚类分析的方法对 DNA序列进行分类。首先从 DNA序列中单个碱基分布的“密度”角度出发，提取出 DNA序列的特征，然后用模糊聚类分析中常用的方法对 DNA序列进行分类。该文运用自行研制开发的集成 11种模糊聚类 分析算法的模糊聚类分析运算工具，首先对已知的1—20个DNA序列进行模糊聚类分析，根据分类结果的精度，找出了较优 的6种聚类分析算法，然后用余下的21—4O个 DNA序列进行分类；最后，本文一次对所有的1—40个 DNA序列进行归类， 并综合了所有的分类结果，将难以归类的 DNA序列进行了归类。分析结果表明，模糊聚类分析算法具有分类简单且分类结 果精度较高的优点。 关键词：模糊聚类分析法；相关系数法；序列；碱基密度 中图分类号：TB115 文献标识码：A

本模型充分利用了所给数据的特点,运用统计、最优化等数学方法,从已知样本序列中提炼出能较好代表两类特征的关键字符串,据此提出量化的分类标准,能较好的对任给DNA序列进行分类.首先,从已知样本序列中用广度优先法选出所有重复出现的字符串,并计算其标准化频率及分散度.然后,利用样本数据结合最小二乘法确定两类字符串各自的优先级函数,并且逐步优化其参数使之达到稳定,提高了可信度.最后,根据优先级函数找出关键词,然后确定权数,用层次分析法对未知样本进行分类,并定出显著水平,从而得到了一个比较通用的分类方法.经过检验,此方法对21—40号待测样本进行了很好的分类,对后面的182个DNA序列进行同样的操作,也有较好的效果.

DNA序列分类模型研究的PPT,DNA序列中存在着局部的和全局性的结构，充分发掘序列的结构对理解DNA全序列是十分有意义的。目前在这项研究中最普通的思想是省略序列的某些细节，突出特征，然后将其表示成适当的数学对象。