全基因组CRISPR-Cas9敲除（MAGeCK）的基于模型的分析是一种计算工具，可从最新的基因组规模CRISPR-Cas9敲除筛选技术中识别重要基因。 有关说明和文档，请参阅Wiki页面。 MAGeCK是由达纳-法伯癌症研究所/哈佛大学公共卫生学院的Xiaole Shirley Liu博士的实验室的Li Wei和Han Xu开发的，并由儿童国家医疗中心的Li Li实验室维护。 我们感谢克劳迪娅·亚当斯·巴尔（Claudia Adams Barr）在基础癌症创新研究中的支持以及NIH / NHGRI开发MAGeCK的支持。

细菌病原体中的CRISPR-Cas和MGE检测 管道使用来检测CRISPR-CAS系统 ，并针对搜索AMR，质粒和的数据库使用 。 依存关系 Snakemake版本≥5.1和。 该管道已在Ubuntu中进行了测试。 安装 导航到您选择的工作目录并克隆此github存储库。 git clone https://github.com/elliekpursey/crispr-pathogens.git 输入 基因组Fasta文件（.fna），必须放在资源>基因组> {species-id}中。 铜绿假单胞菌PAO1基因组作为测试文件提供在文件夹287中（其分类ID）。 您必须在基因组目录中为要使用的每个物种/基因组组创建目录并命名。 用法 本地使用 从crisper-pathogens目录中运行以下命令： snakemake -s workflow/Snakefile --use-conda

我们正在将代码移至 bitbucket。 最新MAGeCK实验代码请点击以下链接： 稳定的MAGeCK版本 如需稳定版本的 MAGeCK，请访问： doc/ 文件夹包含软件的文档。 有关最新的 MAGeCK 文档，请访问：

CRISPR_Screen_Processing 您可以遵循一个基本的工作示例，使用MAGeCK和/或DrugZ进行富集/耗竭分析，以统一的方式半自动分析汇总的CRISPR筛选数据。 有关更多详细信息，请参见自述文件。 测试表文件是模板，而不是工作示例。 内容 主资料夹 CRISPR.sh：bash脚本通过cutadapt，bowtie 1.3和MAGeCK（计数/ RRA测试）处理原始FASTQ文件 drugz.sh：bash脚本处理MAgeCK使用drugz.py脚本生成的计数表 MAGeCK_或DrugZ_ Tests_Table.txt：制表符分隔的表，这些表通知上述bash脚本如何进行富集/耗竭测试（从头到尾：输出名称，治疗组，对照组） 这两个bash脚本均使用脚本顶部指示的默认设置运行，除了thread / cores选项外，所有其他设置均使用相应软件包的默认设置。 Ra

该软件包包括使用用户定义的参数搜索 CRISPR 目标位点（原型间隔区）、预测全基因组 Cas9 潜在脱靶切割位点 (POT)、将 POT 分为三类、批量设计寡核苷酸以构建 20 -nt（核苷酸）或截断的 sgRNA 表达载体，提取所需长度的核苷酸序列，位于目标或脱靶切割位点两侧，用于设计 PCR 引物对，以通过 T7E1 切割测定验证突变。 重要的是，通过在计算机中识别潜在的脱靶位点，sgRNAcas9 允许选择更具体的目标位点并帮助识别真正的脱靶位点，显着促进用于基因组编辑应用的 sgRNA 设计。 引用：Xie S、ShenB、Zhang C、Huang X、Zhang Y。sgRNAcas9：用于设计 CRISPR sgRNA 和评估潜在脱靶切割位点的软件包。 公共科学图书馆一。 2014,9(6):e100448。 http://www.biootools.com/

20201019-兴业证券-CRISPR技术及应用前景.pdf

利用CRISPR/CAS9技术构建内源WDR82标签蛋白融合表达的小鼠胚胎干细胞系，吴昊，张文胜，目的：利用CRISPR/CAS9介导的同源重组技术，在小鼠胚胎干细胞中分别将Flag和TAP-Flag标签靶向导入wdr82基因终止密码子之前，得到两种不同�