FragPipe 是一套计算工具的 Java 图形用户界面 (GUI)，能够对基于质谱的蛋白质组学数据进行综合分析。 它由提供- 一种适用于常规和“开放”（宽前体质量耐受性）肽识别的超快蛋白质组学搜索引擎。 FragPipe 包括工具包，用于 MSFragger 搜索结果（PeptideProphet、iProphet、ProteinProphet）的下游后处理、FDR 过滤、基于标签的量化和多实验总结报告生成。 和以帮助解释开放搜索结果。 FragPipe 二进制文件中还包括用于基于 TMT/iTRAQ 同量异位标记量化的 、用于具有运行间匹配 (MBR) 功能的无标签量化的 、SpectraST 和 EasyPQP 谱库构建模块以及 DIA-Umpire SE 模块用于直接分析数据独立采集 (DIA) 数据。 FragPipe 教程 （涵盖所有 FragPipe 模块的通用教程）

PyRosetta开发（帮助）文档 很详细 蛋白质结构预测的必备工具

蛋白质金属结合位点预测 投稿人：田秋，郑子涵，金文浩 生物学意义： 蛋白质及其结构是生命中生物学功能的关键。 通过翻译，核糖体将延长氨基酸序列链，这些氨基酸的物理化学特性及其相互依赖性使一级结构折叠成其复杂的三级结构。 一旦建立了结构，蛋白质结构可能会允许某些离子结合，这可能导致该结构通过构象变化更稳定，或有助于催化。 例如，锌指稳定结构，或血红素基团中离子的必要性，以使血红蛋白转运氧气。 另外，结合位点的序列和结构往往在整个世代中都被保守，并且来自蛋白质数据库（PDB）的大约1/3的蛋白质结构包含金属离子这一事实可能表明它显着干预了蛋白质的行为。 目标 ： 我们的兴趣是利用一个突出的神经网络来识别哪些金属与哪个序列结合，以及该金属与哪些氨基酸特异性结合。 我们的目标是将金属分类为准确度为95％的序列。 我们的目标是对哪些氨基酸与F1分数达75％的金属结合进行分类。 概述： [

基于多序列特征提取的蛋白质相互作用预测

ProteoWizard库和工具是一组模块化且可扩展的开源，跨平台工具和软件库，可促进蛋白质组学数据分析。 这些库通过提供一个健壮的，可插拔的开发框架来实现快速的工具创建，该框架可简化和统一数据文件的访问，并执行标准化学分析和LCMS数据集计算。 核心代码和库受Apache开源许可； 供应商库受各种特定于供应商的许可的约束。 产品特点 HUPO-PSI mzML标准质谱数据格式的参考实现 支持HUPO-PSI mzIdentML 1.1标准质谱分析格式 支持直接从许多供应商原始数据格式中读取（在Windows上） 现代C ++技术和设计原理 具有本机编译器的跨平台（Windows上的MSVC，Linux上的gcc，OSX上的darwin） 模块化设计，可测试性和可扩展性 快速开发数据分析工具的框架 适用于学术和商业项目的开源许可证（Apache v2） 正式建造状态 操作系统 状态

Folin-酚试剂法测蛋白质含量测定实验报告

参考文献：MUFOLD-SS: New deep inception-inside-inception networks for protein secondary structure prediction 目的：蛋白质二级结构预测。 上传原因：由于文献中的链接失效，因此将之前下载的开源源码上传。仅限学术研究使用。

有生物信息学的参考书；有文献数据挖掘的详细讲解；介绍文献编辑软件以及相关课堂练习；核酸，蛋白质序列分析以及数据分析以及相关上机操作的作业流程

DomFun DomFun是使用系统方法将功能分配给未知蛋白质的新系统，而无需考虑其序列但其功能域与功能系统相关联。 它使用在蛋白质结构域和功能注释之间计算的关联作为训练数据集，并通过查找蛋白质的结构域以及它们是否已与功能注释（在GO分子功能，生物学过程，KEGG和Reactome途径术语中）相关联，对蛋白质进行预测（使用UniProt标识符）。 ）。 安装 将此行添加到您的应用程序的Gemfile中： gem 'DomFun' 然后执行： $ bundle 或自己安装为： $ gem install DomFun 用法 要使用DomFun，有必要计算蛋白质结构域和功能注释之间的关联。 为此，请使用NetAnalyzerRubygem（ ），选择最适合您数据的关联索引。 一旦计算出这些关联，它们将用于训练DomFun并预测一组功能未知的蛋白质（赋予UniProt标识符）。 在

基因工程与蛋白质工程知识归纳及试题例析样本.doc