第5章 序列比对与数据库相似性搜索

#NWAlignment 该工具旨在根据执行成对序列比对。 当前程序版本使用简单的评分系统，其中差距和不匹配得分为-1，匹配定义为+1。 ＃＃＃要求： > =版本3.10 C ++ 20标准 编译： 导航到“代码”目录cd Code 创建一个名为“ build”的文件夹mkdir build 导航到新生成的文件夹cd build 使用cmake编译项目cmake .. 生成可执行文件make 运行程序，如下所示 ###用法：允许的参数： 短的 长 类型 描述 -一世 - 输入 细绳 输入的seuqnece文件的路径（FASTA格式，结尾为.fa或.fasta -o - 输出 细绳 输出文件的路径（任何文件格式） -H - 帮助 -- 显示一些帮助性文字和使用信息 笔记： 要执行对齐，必须定义输入和输出文件 帮助请求被视为单个参数 示例运行： 进行对

超好的序列比对分析软件，使用很方便，和大家一起分享，

一款DNA序列比对的软件，可用于DNA序列的分析、比对，酶切位点的查找等。

CS410人工智能（B类）2021-2022秋季学期的个人大作业，内容是应用三种算法（动态规划、A*、遗传算法）分别解决多序列比对问题。其中包括database、query和所有的源码。

（多个）序列比对 例子 from alignment import multi_sequence_alignment sequences = [ 'the quick fox jumps over the dog' . split (), 'the brown fox jumps over the lazy dog' . split (), 'the clever fox jumps over the lazy crow' . split ()] alignment = multi_sequence_alignment ( sequences ) print ( alignment ) print ( alignment . score ()) 0 1 2 3 4 5 6

软件介绍: Blast v2.2.25是一款本地序列对比软件，能够在不接入互联网的环境下，将待比对的序列与本地数据库中的序列进行比对，主要用于核酸和蛋白等序列对比。使用方法，解压后再使用。它包含以下应用程序：bl2seq.exeblastall.exeblastclust.exeblastpgp.execopymat.exefastacmd.exeformatdb.exeformatrpsdb.exeimpala.exemakemat.exemegablast.exerpsblast.exeseedtop.exe

对齐 执行序列比对。 对齐既可以是全局的也可以是局部的，也可以是相互的或不相互的。 介绍 align是一个Python模块，可提供全局和局部序列比对的常规实现（阅读：不限于生物信息学）。 对齐可以进一步是相互的和非相互的。 相互比对是序列比对，其中两个序列都是缺口插入的候选者，而非相互比对仅允许缺口插入第二序列。 它以C语言实现以提高速度，并与Cython封装在一起，以简化Python的使用。 使用的算法是Needleman-Wunsch（用于全局对齐）和Smith-Waterman（用于局部对齐）。 align使用一个对称的numpy.ndarray作为得分矩阵，该矩阵必须为numpy.int16 。 它还支持迭代比对（将一个序列与另一个已经包含缺口的序列进行比对）。 要使用此功能，评分矩阵的形状必须为（257，257），最后一行和最后一列用于对固定间隙和字母符号的匹配项进行评分。

使用动态规划化方法实现序列比对算法，有详细注解

该工具主要用于核苷酸及氨基酸序列比对、引物设计、载体设计等，使用简单、直观。