刚开始学习分子动力学,在尝试了一段时间的lammps建模之后听说使用atomsk建模更加容易一些,因此选择对其进行学习,又因本人比较喜欢纸质版的东西,故进行了翻译整理,希望后续可以翻阅查看,也希望可以为大家带来帮助。 Atomsk 是一个强大的工具,主要用于分子动力学模拟前的预处理工作,如创建、修改和分析晶体结构。本文档是 Atomsk 的中文手册,旨在帮助初学者更好地理解和使用该软件。以下是对各功能命令的详细解释: 1. **add-atom(添加原子)**:这个功能用于在现有结构中增加新的原子,可以指定原子类型、位置以及添加的数量,以构建或扩展你的晶体模型。 2. **add-shells(创建壳)**:这个命令可以帮助你为部分或所有原子添加壳层,这对于模拟表面或界面的性质非常有用,可以增加原子层以模拟表面粗糙度或者界面相互作用。 3. **alignx(向量对齐)**:此功能可将第一个单元格向量与 X 轴对齐,确保你的模型具有正确的对称性和定向,这对于后续的模拟计算非常重要。 4. **cell(修改单元格向量)**:单元格向量是描述晶体结构的关键参数,你可以通过这个命令调整其长度和方向,以适应不同类型的晶体结构或模拟需求。 5. **center(居中)**:此命令可以将整个系统移动到其边界框的中心,便于观察和处理。 6. **crack(插入裂缝)**:在分子动力学中,研究材料断裂和裂纹行为很重要,Atomsk 提供了插入直线裂缝的功能,以便模拟裂纹扩展过程。 7. **cut(清除部分)**:可以删除系统中的选定区域,比如去除不想要的晶格部分或创建缺陷。 8. **deform(施加应力或应变)**:此功能允许你对系统施加单向的应力或应变,模拟拉伸、压缩或剪切等力学行为。 9. **dislocation(插入位错)**:位错是晶体中的线缺陷,对材料的机械性能有显著影响。尽管这部分你还不太熟悉,但 Atomsk 提供了插入位错的能力,对理解材料的塑性变形至关重要。 10. **disturb(随机移动原子)**:这个命令可以随机扰动原子的位置,模拟热运动或其他无序效应,这对于研究非完美晶体或高温环境下的系统特别有用。 11. **duplicate(复制系统)**:通过复制现有系统,你可以构建更大的超晶胞,模拟大尺度结构或探究周期性边界条件下的现象。 12. **fix(修复坐标)**:有时原子坐标可能因为各种原因出现错误,这个功能可以用来修正这些问题,确保模型的准确性。 13. **fractional(简化坐标)**:原子坐标可以表示为分数形式,这个选项用于将坐标从笛卡尔坐标转换为简化坐标,适用于周期性边界条件的处理。 14. **mirror(镜像转换)**:可以将系统沿指定平面进行镜像操作,用于创建对称结构或模拟表面的反面。 15. **options(应用选项)**:从文件读取选项列表,允许用户自定义和控制 Atomsk 的运行参数,提高灵活性和效率。 16. **orient(改变晶体方向)**:这个功能允许你改变晶体的定向,这对于研究特定方向上的性质(如晶体的滑移面或解理面)非常有用。 17. **orthogonal-cell(正交单元)**:寻找等效的正交单元格,保留系统的周期性,使得某些计算更为简便,例如计算晶体的电子结构。 18. **properties(设置属性)**:通过这个命令可以设置系统的各种属性,如原子类型、电荷、质量等,这些属性会影响分子动力学模拟的结果。 以上是 Atomsk 中文手册的部分内容概述,涵盖了原子结构的创建、修改和分析的基本操作。对于分子动力学模拟的学习者来说,掌握这些命令将极大地提高建模效率并提升研究质量。继续深入学习和实践,你将能够熟练运用 Atomsk 进行复杂晶体结构的建模和分析。
2024-07-17 16:58:36 1.93MB 分子动力学模拟
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反复重熔母合金铸锭对Zr55Al10Ni5Cu30块体非晶合金晶化动力学的影响,胡勇,李金富,采用差示扫描量热仪研究了反复重熔母合金铸锭对Zr55Al10Ni5Cu30块体非晶合金晶化动力学的影响。在连续加热条件下,反复重熔几乎不会影
2024-07-15 17:21:28 541KB 首发论文
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Matlab研究室上传的视频均有对应的完整代码,皆可运行,亲测可用,适合小白; 1、代码压缩包内容 主函数:main.m; 调用函数:其他m文件;无需运行 运行结果效果图; 2、代码运行版本 Matlab 2019b;若运行有误,根据提示修改;若不会,私信博主; 3、运行操作步骤 步骤一:将所有文件放到Matlab的当前文件夹中; 步骤二:双击打开main.m文件; 步骤三:点击运行,等程序运行完得到结果; 4、仿真咨询 如需其他服务,可私信博主或扫描视频QQ名片; 4.1 博客或资源的完整代码提供 4.2 期刊或参考文献复现 4.3 Matlab程序定制 4.4 科研合作
2024-07-12 14:58:26 5.52MB matlab
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多体系统动力学基本理论 多体系统动力学是机械系统动力学分析的一个重要分支,旨在研究由多个物体通过运动副连接的复杂机械系统的动力学行为。多体系统动力学的核心问题是建模和求解问题,通过对多体系统的研究,可以对其进行精准的动力学分析和仿真,为机械系统设计、优化和控制提供了强有力的理论基础。 多体系统动力学的研究始于20世纪60年代,初期主要集中在多刚体系统的研究上,后来逐渐扩展到多柔体系统的研究领域。多体系统动力学的研究内容包括多刚体系统的自动建模、数值求解和刚性问题解决等几个方面。多体系统动力学的发展离不开计算机技术的支持,计算机辅助工程(CAE)技术的应用是多体系统动力学研究的重要内容之一。 多体系统是指由多个物体通过运动副连接的复杂机械系统,研究多体系统动力学的目的是应用计算机技术进行复杂机械系统的动力学分析和仿真。多体系统动力学是基于经典力学理论的,经历了多刚体系统动力学和计算多体系统动力学两个发展阶段,目前已趋于成熟。 多刚体系统动力学是基于经典力学理论的,研究的对象是多个刚体组成的复杂系统的运动学和动力学分析。多刚体系统动力学建立适宜于计算机程序求解的数学模型,并寻求高效、稳定的数值求解方法。多刚体系统动力学的发展经历了牛顿、欧拉、拉格朗日、达朗贝尔等科学家的贡献,形成了经典力学中的牛顿-欧拉方程、拉格朗日方程和虚功原理等重要概念。 在20世纪60年代初期,罗伯森和维滕堡提出了罗伯森-维滕堡(R/W)方法,这种方法的主要特点是利用图论的概念及数学工具描述多刚体系统的结构,以邻接刚体之间的相对位移作为广义坐标,导出适合于任意多刚体系统的普遍形式动力学方程。凯恩(Kane)方法、旋量方法和变分方法等也是多刚体系统动力学研究中的重要方法。 通过学习多体系统动力学的基本理论,可以对多体系统动力学的基本理论有较深入的了解,为具体软件的学习打下良好的理论基础。同时,多体系统动力学的研究也为机械系统设计、优化和控制提供了强有力的理论基础。
2024-07-09 09:52:57 2.97MB 多体系统动力学基本理论.doc
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王其藩的系统动力学,2009修订版,对于研究决策系统有帮助
2024-06-20 11:48:31 14.49MB 系统动力学 2009年
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固体边界附近激光诱导空化气泡的动力学
2024-06-14 21:04:39 114KB 研究论文
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BEAMPATH 是一个 2D 和 3D 代码,用于模拟线性粒子加速器和束传输中空间电荷主导的束动力学。 该程序用于在包含射频间隙、射频四极杆、多极透镜、螺线管、弯曲磁铁、加速波导的通道中对轴对称、四极对称和 z 均匀光束进行细胞内粒子模拟。 模型的详细描述可以在 YKBatygin,“用于直线加速器和光束线中的光束动力学模拟的粒子内代码 BEAMPATH”核仪器和物理研究中的方法 A 539 (2005) 455-489 中找到。
2024-05-30 09:45:00 4.17MB 开源软件
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Symbolic Modeling of Multibody Systems
2024-05-21 18:10:59 33.48MB 符号建模 多体动力学
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mtalab的NEWMARK方法程序,可用于轴承转子系统的动力学特性分析
2024-05-13 17:28:45 29KB
1. 这是作者花费一周的时间,使用python写出的策略迭代和值迭代强化学习算法,以一个完整的项目发布,为解决“已知马尔科夫决策过程五元组,求最优策略”这类问题提供了算法与通用框架 2. 项目采用面向对象架构和面向抽象编程,用户可以在抽象类基础上,利用继承机制,定义新的具体环境类,测试该算法的有效性。项目还给出了unittest.Testcase的测试代码。 3. 在该项目中算法名称分别对应类:ValueIterationAgent和PolicyIterationAgent(都继承自MdpAgent),马尔科夫决策模型已知的环境抽象类MdpEnv 4. 为展示该算法的有效性,定义了一个GridWorldEnv的具体类,实现了作者博文中“在格子世界中寻宝”的最优策略的学习,并定义了一个GridWorldUI类可视化最优策略及基于最优策略的,用户可以运行住文件main.py 5. 该项目源码的最大特点是:架构合理,可维护性好,可读性强。你不断能学到这两个强化学习算法的精髓,也能够学到什么是好的python程序架构。 6.注意先阅读里面的readme.txt文件。
2024-05-08 21:56:25 329KB 强化学习 策略迭代 面向对象 python
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