CRISPR_Screen_Processing
您可以遵循一个基本的工作示例,使用MAGeCK和/或DrugZ进行富集/耗竭分析,以统一的方式半自动分析汇总的CRISPR筛选数据。 有关更多详细信息,请参见自述文件。 测试表文件是模板,而不是工作示例。
内容
主资料夹
CRISPR.sh:bash脚本通过cutadapt,bowtie 1.3和MAGeCK(计数/ RRA测试)处理原始FASTQ文件
drugz.sh:bash脚本处理MAgeCK使用drugz.py脚本生成的计数表
MAGeCK_或DrugZ_ Tests_Table.txt:制表符分隔的表,这些表通知上述bash脚本如何进行富集/耗竭测试(从头到尾:输出名称,治疗组,对照组)
这两个bash脚本均使用脚本顶部指示的默认设置运行,除了thread / cores选项外,所有其他设置均使用相应软件包的默认设置。
Ra
2021-08-24 22:48:53
4.5MB
Shell
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