全细胞模拟器
全细胞模拟器(WCS)旨在提供一种用于模拟全细胞模型(WCM)的计算环境。 WCM是一个全面的多尺度计算模型,代表了细胞中所有已知的生化过程。它依赖于多种细胞内途径模型和组学数据。
技术目标是实现WCM中使用的各种仿真方法的无缝集成,例如随机仿真算法(SSA),常微分方程(ODE),磁通平衡分析(FBA)和基于逻辑的方法。当前,WCS仅实施SSA,在实现该目标方面取得了进展。这些方法可以同时运行,不仅适用于整个途径,还适用于React的子集。此外,我们的目标是在有益时使方法之间能够动态切换。
当前要求:
目标平台:基于Linux的系统
支持c ++ 17的c ++编译器,例如clang ++ 5.0或更高版本,g ++ 7.1或更高版本以及icpc 19.0.1或更高版本
GNU Boost库使用的特定Boost库是graph , filesystem , regex和sys
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