组织质量控制
HistoQC是用于数字病理切片的开源质量控制工具
要求
经过Python 3.6测试
要求:
滑坡
以及以下其他python包:
python-openslide
matplotlib
麻木
科学的
skimage
斯克莱恩
您可能可以使用类似(请注意python 3+要求)的方式安装python要求:
pip3 install -r requirements.txt
库版本已与当前验证的版本挂钩。 更高版本可能会起作用,但可能无法实现跨站点/版本的可重复性(通常在质量控制中是一件坏事)。
Openslide二进制文件将必须根据单独的操作系统说明进行单独安装
可以使用随附的(7行)Dockerfile创建最基本的Docker映像。
基本用法
C:\Research\code\qc>python qc_pipeline.py --help
usage: qc_
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