PhyloTrack是基于JavaScript的软件工具,该工具将D3.js库(用于数据可视化)与JBrowse工具(用于基因组浏览器表示)集成在一起。 它需要使用普通Newick数据格式的系统树作为输入,以及三个用于样本,进化枝定义节点和进化枝颜色定义的元数据文件-全部以制表符分隔的格式。 PhyloTrack内的功能可在系统发育树的每个节点上显示信息性标记,因此突出了进化枝定义的多态性。 已使用服务器端的tabix工具实现了此功能,从而可以简单快速地访问每个树节点上的信息,包括存储在VCF类似文件中的信息性SNP。 通过使用祖先节点比较和种群分化的FST措施比较菌株类型之间的等位基因频率,已经建立了这些信息丰富的变体。
2021-04-29 17:04:58
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开源软件
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